Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarında amaç; enfeksiyon hastalıklarına olabildiğince çabuk ve doğru tanı koymak için klinisyenle işbirliği yaparak ona ve hastaya yardımcı olmaktır. Mikrobiyologların bu nedenle hastalara ve klinisyen hekimlere karşı sorumlulukları büyüktür. Bunun dışında Mikrobiyoloji Laboratuvarı sorumlularının, hastanede enfeksiyon kontrolü yapan uzmanlara yardımcı olmak, onları hastane enfeksiyonlarına karşı uyarmak görevleri vardır.